Para el año 2015, la Institución ha formulado los siguientes Objetivos estratégicos:

1. Proteger y mejorar la condición sanitaria de los recursos silvoagropecuarios productivos del país.

2. Otorgar garantías a los mercados internacionales mediante el proceso de certificación de productos de exportación.

3. Contar con procesos de fiscalización que fomenten el cumplimiento de las normas de competencia del Servicio.

4. Proteger los recursos naturales renovables que inciden en el potencial productivo silvoagropecuario.

5. Fortalecer las relaciones internacionales, facilitando el comercio de exportación e importación protegiendo el patrimonio fito y zoosanitario nacional.

6. Optimizar nuestros procesos haciéndolos más ágiles, transparentes y estandarizados a nivel nacional, descentralizando la toma de decisiones.